Μαζί με το νάτριο αποτελούν τις ουσίες (ιόντα) οι οποίες ενώνονται για να δώσουν το γνωστό σε όλους μας αλάτι. Αποτελεί έναν από τους βασικούς ηλεκτρολύτες του οργανισμού, μαζί με το νάτριο και το κάλιο. Το χλώριο παίζει σημαντικό ρόλο στη διατήρηση της ισορροπίας των υγρών στο σώμα, αλλά και στη μεταφορά ηλεκτρικών σημάτων του νευρικού συστήματος. Επίσης το χλώριο είναι βασικό συστατικό του υδροχλωρικού οξέος του στομάχου το οποίο συμβάλλει στην πέψη των τροφών και στην απορρόφηση βιταμινών, μετάλλων και ιχνοστοιχείων. Τέλος το χλώριο είναι ένας από τους ρυθμιστές της οξύτητας του οργανισμού. Τα επίπεδα του χλωρίου στο αίμα μπορεί να πέσουν κάτω από τα φυσιολογικά επίπεδα σε περιπτώσεις αφυδάτωσης, αυξημένης εφίδρωσης, σε άτομα με εμέτους, εγκαύματα κ.α.